软件工程学制四年，毕业颁授工学学位。培养符合医药软件产业市场需要，顺应区域经济的发展，面向医疗卫生行业，德、智、体、美、劳全面发展，掌握自然科学和人文社科基础知识、医疗卫生背景知识、计算机科学基础理论、软件工程专业及应用知识，具有软件开发能力，具有软件开发实践和项目组织的初步经验，具有创新、创业意识，具有竞争和团队精神的高素质医药卫生软件工程高级人才，能够胜任软件开发岗位工作。
