1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（后来发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。 1958年，兵团党委创办兵团农学院（后改名石河子农学院），随后相继创办了兵团经济专科学校、兵团师范专科学校。 1996年，石河子农学院、石河子医学院、兵团师范专科学校和兵团经济专科学校合并组建石河子大学。 2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。 2004年，入选省部共建高校。 2008年，入选国家“211工程”重点建设高校。 2012年，入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）高校。 2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校。 2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。 2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。 『办学定位与目标』 学校完整准确贯彻新时代党的治疆方略，牢牢扭住社会稳定和长治久安总目标，始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位和“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，形成了“以兵团精神育人，为维稳戍边服务”的办学特色，成为维稳戍边、建设边疆的重要力量。目前，石河子大学正朝着建设西部一流、国际知名的有特色高水平大学目标迈进。 『学校荣誉』 2000年，全国普通高校毕业生就业工作先进集体。 2009年，首批全国毕业生就业典型经验50所高校。 2010年，全国普通高等学校毕业生预征工作先进集体。 2017年，全国首批深化创新创业教育改革示范高校、第三批“全国高校实践育人创新创业基地”。 2019年，“全国党建工作示范高校”培育创建单位。 2020年，“全国文明校园”。 2021年，全国民族团结进步示范单位、首批全国高校毕业生就业能力培训基地。 2022年，“全国党建工作示范高校”建设单位。 『机构设置』 学校现有党政机构20个，群团组织2个，教学机构23个，教辅机构10个，科研机构4个，附属单位5个。 『学科、专业设置』 学校现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有94个本科专业（招生专业85个）、9个一级学科博士学位授权点（应用经济学、生物学、机械工程、化学工程与技术、农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、工商管理）、1个专业学位博士授权点（土木水利）、30个一级学科硕士学位授权点、30个专业学位硕士授权点。4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个（化学工程与技术）、国家重点学科1个（作物栽培学与耕作学）、部省合建学科群2个（“化学工程与技术”学科群、“农业工程”学科群）。临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学4个学科进入ESI全球前1%。 『科学研究』 学校科学研究紧密围绕国家和区域重大战略需求，深入实施创新驱动发展战略，以深化科研体制机制改革为动力，强化基础研究和应用研究，促进科技成果转化，发挥大综合、强应用的学科优势，坚持产学研一体化道路，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、干旱区节水灌溉理论与技术、新疆生物资源保护与利用、空间信息技术与3S应用、新疆绿洲经济社会发展、新疆非物质文化遗产、中亚教育与人文交流、新疆少数民族教育发展与教育政策”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。 近五年来，学校主动承担国家、兵团重大科研任务，立项各级各类项目2306项，科研总经费近8.9亿元。获省部级以上奖励110余项，获第八届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）三等奖1项，36项成果获得自治区哲学社会优秀成果奖，其中一等奖5项，二等奖4项，三等奖8项，优秀奖19项，获奖数居新疆高校前列。 『人才培养』 学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校学生32593人，其中普通本科生23286人、普通专科生1660人，硕士、博士研究生7222人，留学生425人。学校现有国家级一流专业建设点28个、国家级一流课程8门，省级一流专业建设点20个，省级一流本科课程75门。有国家级教学团队3个、国家级教学名师2人，国家级精品课程4门、精品视频公开课3门、精品资源共享课2门，国家级特色专业建设项目5个、实验教学示范中心1个，获批教育部第二批虚拟教研室建设试点项目2个。2门本科课程及其课程团队获评教育部课程思政示范课程、课程思政教学名师和团队。33门课程获批省级课程思政示范课。学校是国家级创新创业教育实践基地建设单位，3个团队获得中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛金奖。学校是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校，设有6个卓越人才培养计划项目试点专业。学校坚持继承和弘扬中华优秀传统文化，依托国家大学生文化素质教育基地，积极构建特色鲜明的文化素质教育体系。学校设有继续教育学院，现有成人学生11204人。 『教学科研平台』 学校现有省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部重点实验室2个，农业农村部重点实验室2个，卫生与健康委员会重点实验室1个，兵团重点实验室15个，国家国际科技合作基地3个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个，国家地方联合工程实验室2个，国家大学科技园1个，国家新农村发展研究院1个，兵团工程技术研究中心3个，省部共建教育部协同创新中心3个，兵团协同创新中心4个，兵团临床医学研究中心7个，高等学校学科创新引智基地（“111”计划）1个，国家临床医学研究中心兵团分中心2个，国家民委研究中心1个，自治区和兵团文科重点研究基地5个，兵团新型科技创新智库2个。 『师资队伍』 学校现有教职工2633人，专任教师1936人。现有中国工程院院士2人，入选国家级人才项目40人次，享受政府特殊津贴专家76人，“全国高校黄大年式教师团队”2个，教育部“新世纪优秀人才支持计划”8人，省部级以上专家人才88人。教授387人、副教授757人。 『交流合作』 学校广泛开展对外交流与合作，成立了国际教育中心，在哈萨克斯坦建立了孔子学院，在俄罗斯和哈萨克斯坦分别建立了一所汉语中心。先后与美国、俄罗斯、哈萨克斯坦、新西兰、奥地利、日本等国家70余所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作，先后有32个国家1350余人来校留学。 学校积极拓展校际、校地、校企交流合作。自2001年开始，北京大学长期坚持对口支援石河子大学；2010年，以北京大学为组长单位，华中科技大学、华东理工大学、华中农业大学为副组长单位，重庆大学、江南大学、对外经济贸易大学、南京师范大学、华南农业大学为成员单位的高校团队对口支援石河子大学；2018年，中国农业大学对口援建我校农业工程学科。学校先后与浙江大学、西北农林科技大学、陕西师范大学等30余所国内高校签订了校际合作协议；与兵团第一师、三师、四师、七师、八师、十师、十二师、十三师、十四师、玛纳斯县、沙湾县、和硕县等兵团、自治区30余家单位签订了校地合作协议；与新疆天业、新疆天富、天山铝业、新疆西部牧业等30余家企业建立了校企合作关系。 『办学条件』 学校拥有良好的教学、科研条件。校园面积180.2万平方米，校舍面积134.8万平方米，实验室、实习场所面积19.55万平方米，绿化覆盖率41％。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼、博物馆等一批标志性建筑，有附属医院6个。.